Para médicos que desejam exercer atividade como pessoa jurídica, saber o custo para abrir um CNPJ médico é o primeiro passo para emitir notas fiscais, reduzir carga tributária, profissionalizar a clínica ou conseguir plantões em diferentes clínicas/hospitais.
Neste guia, você encontrará teoria e prática: tipos de empresa disponíveis, todas as taxas envolvidas e as obrigatoriedades.

1. Tipos de empresa para médicos
Antes de qualquer custo, o médico deve escolher a estrutura jurídica adequada. As opções mais comuns são:
1.1 Microempresa (ME) ou Empresa de Pequeno Porte (EPP)
O médico abre uma pessoa jurídica enquadrada no Simples Nacional (faturamento anual até R$ 4,8 milhões). Tributação reunida em guia única e alíquotas progressivas.
1.2 Sociedade Unipessoal de Responsabilidade Limitada (SLU)
Espécie de LTDA com sócio único. Permite limitar responsabilidade ao capital social, atender regras da Junta Comercial e manter regime tributário no Simples.
1.3 Sociedade Limitada (LTDA)
Requer dois ou mais sócios. Raramente usada por médicos individuais, mas pode atender clínicas com mais de um profissional.
2. Registro no Conselho Regional de Medicina (CRM)
Além do registro pessoal (CRM-PF), o médico que atua como pessoa jurídica deve inscrever a empresa no CRM (CRM-PJ). Embora você já possua um registro individual, a empresa presta serviços médicos de forma autônoma e, por isso, precisa de um número de registro próprio.
2.1 CRM-Pessoa Física
- Registro obrigatório para exercer a medicina;
- Não há custo de abertura (já pago na formação), apenas anuidades.
2.2 CRM-Pessoa Jurídica
- Registro obrigatório para empresa que presta serviços médicos;
- Taxa de inscrição inicial: em média R$ 300 a R$ 700;
- Anuidade: varia por estado (geralmente R$ 600 a R$ 900).
3. Valores e custos envolvidos na abertura do CNPJ
Veja a seguir todos os custos que o médico deve considerar ao abrir sua pessoa jurídica.
3.1 Honorário contábil de abertura
- Elaboração do Contrato Social ou Requerimento de Empresário (SLU): R$ 800 a R$ 1.500;
- Emissão de Certificado Digital (e-CPF ou e-CNPJ): R$ 150 a R$ 300.
3.2 Taxas de abertura na Junta Comercial e Receita Federal
- Junta Comercial (registro do contrato): R$ 300 a R$ 700, dependendo do estado;
3.3 Alvará municipal / inscrição municipal de ISS e vigilância sanitária
- Alvará de funcionamento: R$ 300 a R$ 500, varia conforme município;
- Taxa de vigilância sanitária para clínica médica: R$ 150 a R$ 300.
3.4 Registro no CRM-PJ
- Inscrição inicial: R$ 300 a R$ 500;
- Anuidade (primeiro ano proporcional): R$ 600 a R$ 900.
3.5 Certificado digital
- e-CPF ou e-CNPJ para assinatura eletrônica de documentos: R$ 250;
- Renovação anual A3.
4. Exemplo prático de orçamento
Considere um médico que abre ME no Simples Nacional, no Rio de Janeiro, com CRM-PJ e certificado digital:
- Honorário contábil: R$ 750
- Taxa de registro: R$ 600;
- Certificado digital e-CNPJ: R$ 250,00;
- CRM-PJ (inscrição + anuidade proporcional): R$ 1.200.
Total estimado no primeiro ano: R$ 2.800
5. Manutenção e custos recorrentes
- Contabilidade mensal: A partir de R$ 397;
- Anuidade CRM-PF e CRM-PJ: R$ 1.200/anual;
- DAS do Simples Nacional: percentual sobre faturamento (6%);
- Renovação de certificado digital: R$ 250 anual.
6. Legislação e obrigações acessórias
Além das taxas, o médico deve cumprir:
6.1 Obrigações federais
- Enquadramento no Simples Nacional ou entrega de DCTF/ECF para regimes maiores;
- Envio de DAS, EFD-Contribuições e DEFIS;
- Declaração de IRPF incluindo pró-labore e distribuição de lucros.
6.2 Obrigações municipais
- Emissão de NFS-e (nota fiscal de serviço eletrônica);
- Pagamento de ISS mensal ou por alíquota fixa no Simples.
Necessidade de dois CRMs
A legislação brasileira exige que o médico mantenha seu CRM-Pessoa Física e registre a pessoa jurídica no CRM-PJ. São, portanto, dois registros distintos, cada um com sua anuidade e controle próprio.
7. Conclusão e próximos passos
Ao planejar a abertura do CNPJ, o médico deve prever todos os custos listados: honorários contábeis, taxas de junta, alvará, CRM-PJ e certificado digital. Uma boa prática é consultar previamente um contador especializado em contabilidade para clínicas e médicos para simular cenários e garantir que o investimento inicial traga retorno por meio de economia tributária e segurança jurídica.
Checklist de abertura
- Contratar contador e definir honorário de abertura;
- Escolher tipo societário (ME, SLU ou LTDA);
- Reunir documentos pessoais e comprovantes;
- Registrar contrato na Junta Comercial;
- Solicitar alvará e inscrição municipal de ISS;
- Emitir certificado digital;
- Inscrever empresa no CRM-PJ;
- Planejar custos recorrentes (contabilidade, anuidade, DAS).
Com essas informações em mãos, você sabe exatamente quanto custa abrir um CNPJ médico e está preparado para iniciar sua atividade como pessoa jurídica com segurança e economia.
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